Acquedotto Pugliese deve sostenere costi di potabilizzazione, per rendere l'acqua degli invasi sicura e buona da bere; di trasporto, per portarla fino a centinaia di chilometri di distanza dai punti di prelievo; di gestione della rete fognaria per lo smaltimento dei liquami prodotti dalle civili abitazioni.

Acquedotto Pugliese svolge, quindi, un servizio che per sua natura ha un costo, che viene assicurato grazie al pagamento di un corrispettivo da parte dei titolari dei contratti di utenza.