La struttura organizzativa di Acquedotto Pugliese comprende: l'Assemblea dei soci, il Consiglio di Amministrazione, il Collegio Sindacale, la Società di Revisione e l'Organismo di Vigilanza. Il CdA si occupa di svolgere e indirizzare le attività d'impresa e di realizzare le decisioni dell’Assemblea dei soci.
La governace è gestita dal Presidente del CDA, per gli asset amministrativi di controllo, di compliance e per tutte le attività in capo al CFO, e dalla Direttrice Generale, per le operations, i servizi tecnici e per gli ulteriori service amministrativi con l'obiettivo di ottimizzare i processi e implementare le performance delle diverse Unità Organizzative garantendo il miglioramento continuo.